Este Consejo, presidido por el Obispo diocesano está formado por el Vicario General, Vicario de Pastoral, Vicario Judicial, Encargado de la Comisión del Clero, Secretario Canciller del Obispado y Vicario de Zona. Es el Obispo quien, ayudado de este Consejo, toma las decisiones necesarias para el buen funcionamiento de la vida diocesana.
| Obispo Diocesano | Sede Vacante: Excmo. Sr. Arzobispo Mons. Francisco Moreno Barrón Arzobispo de Tijuana y actual Administrador Apostolico de la Diocesis de Mexicali. |
| Vicario General: | Pbro. Lic. Arnoldo Rascón Pérez vicariogral@diocesisdemexicali.org |
| Vicario de Pastoral | Pbro. Lic. José Ramón Jiménez Aparicio |
| Vicario Judicial | Pbro. Lic. Marco Antonio Encinas Veliz |
| Comisión del Clero | Pbro. Lic. Adrián Torres Herrera |
| Secretario Canciller: | Pbro. Lic. Ángel Rogelio Izaguirre Miranda secretariocanciller@diocesisdemexicali.org |
| Vicario Episcopal de Mexicali: | Pbro. Lic. Martín Alonso Vital Fernández |
| Vicario Episcopal del Valle: | Pbro. Lic. Arturo Fernado López Chavez |
| Vicario Episcopal del Desierto: | Pbro. Lic. Ramón Tapia Tapia. |